Все виды поддержки фундаментальных научных исследований осуществляются Фондом на конкурсной основе независимо от возраста, ученого звания, ученой степени или должности, занимаемой ученым, а также ведомственной принадлежности научной организации, с которой ученый состоит в трудовых отношениях.
Каждый ученый может одновременно участвовать в нескольких видах конкурсов. При этом по каждому из конкурсов (кроме конкурса "г") ученый имеет право подать в качестве руководителя только одну заявку и соответственно стать по окончании конкурса руководителем только одного проекта, получившего финансовую поддержку РФФИ. В каждом из конкурсов "а", "р" и международных ученый, являющийся руководителем проекта, может одновременно участвовать еще только в одном проекте в качестве исполнителя. Запрещается участие в качестве исполнителя в проекте, руководимом административно подчиненным лицом.
Условием предоставления Фондом финансовой поддержки является обязательство ученых сделать результаты исследований общественным достоянием, непременно опубликовав их, в том числе обязательно и в российских изданиях. При публикации любой научной работы, созданной по итогам исследований в рамках финансируемого Фондом проекта, авторы обязаны ссылаться на полученный грант с указанием его номера. Обязательным условием является также согласие авторов на опубликование Фондом отчета по проекту (в печатном и электронном виде).
Фонд не дает рекомендаций по изменению или дополнению формулировок в научной части проектов, представляемых на конкурс.
Средства, выделяемые Фондом, используются в соответствии с утвержденным «Перечнем видов расходов на выполнение проектов РФФИ», являющимся приложением к соглашению «Фонд - Организация».
К конкурсу не допускаются:
- проекты, оформленные не по правилам;
- издательские проекты без рукописи или пробного перевода;
- проекты, представленные по факсу, по электронной почте или на электронных носителях;
- проекты, поступившие в Фонд после объявленного срока.
Также не допускаются к конкурсу проекты, название и содержание которых полностью совпадают с названием и содержанием какой-либо плановой темы, выполняемой в организации и финансируемой из федерального бюджета (ответственность за соблюдение этого условия возлагается на руководителя проекта).
      Запрещается подавать один и тот же инициативный проект одновременно на различные конкурсы РФФИ (например, на “а” и международные). Проект, поддержанный по какому-либо конкурсу, запрещается заявлять в дальнейшем на любые конкурсы.
      Представленные на конкурс материалы не возвращаются (кроме рукописей издательских проектов, которые возвращаются после утверждения итогов конкурса советом РФФИ).       Не допускаются замены страниц и изменения в тексте поданного проекта.
      При оформлении заявок допускается использовать двустороннюю печать.
      Фонд извещает руководителя проекта через "Грант-Экспресс" о получении печатного экземпляра проекта, о недопущении к конкурсу и о результатах конкурса.