Сравнительный транскриптомный анализ близкородственных видов диатомовых водорослей рода Aulacoseira
Номер гранта: | 18-04-00862 |
Область научного знания: | биология и медицинские науки |
Тип конкурса: | (а)(а) конкурс проектов фундаментальных научных исследований |
Год выполнения: | 2018г. |
Руководитель: | Галачьянц ЮрийПавлович |
Статус заявки: | поддержана |
Аннотация к заявке:
Род Aulacoseira Thwaites является космополитным родом центрических пресноводных нитчатых диатомовых водорослей. В моменты сезонного развития виды этого рода составляют значительную долю в сообществах фитопланктона многих озер и крупных рек. Поэтому представители рода Aulacoseira являются важным звеном речных и озерных экосистем, выступая в роли первичных продуцентов и участников биогеохимических циклов. Виды A. islandica, A. skvortzowii и A. baicalensis, наряду с несколькими другими современными и вымершими видами, представляют комплекс близкородственных видов, дивергенция которых, вероятно, произошла в позднем миоцене-плиоцене. Важной и, по-видимому, уникальной в пределах рода для современных видов особенностью A. skvortzowii является способность к формированию покоящихся спор, с помощью которых эта диатомея пережидает неблагорпиятный для вегетации летний период. Среди диатомовых водорослей данный признак характерен для морских диатомей, обитающих в прибрежных районах. Данный проект направлен на выявление эволюционной истории A. islandica, A. skvortzowii и A. baicalensis с помощью филогеномных методов и на выявление и анализ групп генов, которые обуславливают отличия спорообразующего вида A. skvortzowii от близкородственных видов методами сравнительной геномики и количественного анализа транскрипции. Для этого при выполнении проекта с помощью NGS-методов будет проведено секвенирование транскриптомных библиотек A. islandica, A. skvortzowii и A. baicalensis и осуществлен анализ репертуара транскрибирующихся последовательностей представителей рода Aulacoseira и других диатомовых водорослей, для которых имеются транскриптомные данные. С точки зрения эволюционной биологии и гидробиологии, результаты будут иметь высокую научную ценность. Сравнительный, функциональный и количественный анализ полученных данных позволит выявить группы ортологичных и паралогичных генов, найти гены, транскрипция которых изменяется в процессе формирования покоящихся спор A. skvortzowii, оценить действие естественного отбора на определенные группы генов, провести датировку расхождения анализируемых видов.
Аннотации к заявке и отчету приведены в авторской редакции.
по состоянию на 29.03.2024.